BoBoiBoy dalam dilemma apabila pemilik asal Kuasa Elemental Beliung, Kuputeri, tiba di Bumi untuk menuntut kembali kuasa itu demi menyelamatkan rakyatnya. Untuk meyakinkan BoBoiBoy, Kuputeri menjemputnya ke Planet Windara untuk melihat sendiri kesengsaraan rakyatnya di bawah pemerintahan penjahat kejam yang bernama Maharaja Reramos.